Οι Κλινικές του Ν.Ι.Μ.Τ.Σ είναι στελεχωμένες με Ιατρονοσηλευτικό Προσωπικό και μπορούν να νοσηλεύσουν ασθενείς παθολογικής και χειρουργικής φύσεως. Διακρίνονται σε:
ΚΛΙΝΙΚΕΣ ΠΑΘΟΛΟΓΙΚΟΥ ΤΟΜΕΑ
Α’ Παθολογική Κλινική.
Β’ Παθολογική Κλινική.
Γ’ Παθολογική Κλινική.
Νευρολογική Κλινική.
Νεφρολογική Κλινική.
Πνευμονολογική Κλινική.
Ρευματολογική Κλινική.
Γαστρεντερολογική Κλινική.
ΚΛΙΝΙΚΕΣ ΧΕΙΡΟΥΡΓΙΚΟΥ ΤΟΜΕΑ
Α’ Χειρουργική Κλινική.
Β’ Χειρουργική Κλινική.
Νευροχειρουργική Κλινική.
Οφθαλμολογική Κλινική.
Ορθοπεδική Κλινική.
Ουρολογική Κλινική.
Πλαστική Κλινική.
Ω.Ρ.Λ Κλινική.
ΕΙΔΙΚΕΣ ΜΟΝΑΔΕΣ
Καρδιολογική ΜΕΘ.
Μονάδα Εντατικής Θεραπείας (ΜΕΘ).
Μονάδα Τεχνητού Νεφρού.