Σύμφωνα με το άρθρο 2 του Α. Ν. 1137/1946, όπως αυτό συμπληρώθηκε μεταγενέστερα, στην αποστολή του ΝΙΜΤΣ περιλαμβάνονται:
- Η παροχή νοσηλευτικής περίθαλψης, εργαστηριακών εξετάσεων και χειρουργικών επεμβάσεων, στους μετόχους και μερισματούχους του Μετοχικού Ταμείου Στρατού (Μ.Τ.Σ.), τους Αξιωματικούς και Ανθυπασπιστές του Στρατού Ξηράς και της ΕΛΑΣ, και στο απόστρατο στρατιωτικό προσωπικό της Πολεμικής Αεροπορίας, τα μέλη των οικογενειών αυτών και τις ορφανικές οικογένειες αυτών.
- H ειδίκευση, συνεχής εκπαίδευση και επιμόρφωση ιατρών, νοσηλευτών και άλλων επαγγελματιών υγείας, με την ανάπτυξη και εφαρμογή ανάλογων εκπαιδευτικών προγραμμάτων.
- ανάπτυξη και προαγωγή της έρευνας στον τομέα της ιατρικής, των βιολογικών επιστημών και της υγείας γενικότερα.
- Η εφαρμογή νέων μεθόδων οργάνωσης της περίθαλψης με στόχο την αποτελεσματική προώθηση της υγείας των πολιτών.